​فصول موهبة ضمن مدارس الشراكة هي إحدى البرامج التي أقرتها موهبة ضمن خطتها لتحقيق رؤيتها الاستراتيجية حتى عام 2023، يستهدف هذا البرنامج عددا من المدارس الحكومية والأهلية ذات المواصفات المتميزة من حيث البنية التحتية، وطرق التدريس، وأساليب التقويم، وأساليب التعلم، وتأهيل المعلمين وتدريبهم ، ولتنفيذ هذا البرنامج فقد تم التعاون مع أفضل بيوت الخبرة التربوية والتعليمية في المراحل المستهدفة (من الصف الرابع الابتدائي وحتى الثالث الثانوي).​